2月16日，国防科工委陈求发副主任、人教司崔锐捷副司长、科技司沙南生副司长、人教司教育处杨志宏处长等领导在国防科工委1706会议室，听取了学校党委书记王俊波、校长肖正学、副校长楚士晋关于请求国防科工委对大阳城集团娱乐游戏学科和重点实验室进行委省共建的汇报。

3月2日，学校成立大阳城集团娱乐游戏工程物理学院筹备组。

4月10日，四川省国防科工办史志伦来校指导工作。

4月20日，国防科工委政策法规司司长张嘉浩来校调研、指导工作。

4月25日，学校给省教育厅上报了《关于请求国防科工委与四川省人民政府共建大阳城集团娱乐游戏国防专业和实验室的请示》和《论证报告》（西南科大发[2006]71号）。

5月17日，四川省人民政府向国防科工委发出《四川省人民政府关于商请国防科工委与我省共建大阳城集团娱乐游戏国防专业和实验室的函》（川府函[2006]91号），商请国防科工委与四川人民政府共建大阳城集团娱乐游戏国防专业和实验室。

5月22日，四川省副省长柯尊平，率省国防科工办主任史志伦，省教育厅副厅长唐小我，学校党委书记王俊波、校长肖正学、副校长楚士晋等，到国防科工委，与国防科工委副主任陈求发等领导，商谈国防科工委与四川省人民政府共建大阳城集团娱乐游戏事宜。

8月22日，国防科工委副秘书长陈根甫一行来校，就国防科工委与四川省人民政府共建大阳城集团娱乐游戏，进行实地考察和调研。

2006年9月，辐射防护与环境工程、核工程与核技术、信息对抗技术专业分别在环境与资源学院、理学院、信息工程学院招生。

10月5日，国防科工委科技质量司司长吴伟仁来校指导工作

11月8日，学校成立我院和我院党委，撤销工程物理学院筹备组。

11月16日，学校党委决定：学校党委书记王俊波兼任我院首任党委书记；校长肖正学兼任我院首任院长；李磊民同志任我院常务副院长。

12月4日，学校党委决定：王德平同志任我院党委副书记；宋功保同志任我院副院长。

12月12日，四川省人民政府、国防科工委共建大阳城集团娱乐游戏协议签字仪式在北京举行。国防科工委副主任陈求发、四川省人民政府副省长刘晓峰向学校党委书记王俊波、校长肖正学授大阳城集团娱乐游戏牌。

12月16日，我院成立大会在学校东校门广场隆重举行。省国防科工办主任史志伦、省教育厅副厅长王康、绵阳市副市长李昌平、中国工程物理研究院党委副书记谭志昕出席会议并讲话。

2006年12月，由大阳城集团娱乐游戏与中国工程物理研究院激光聚变研究中心共同组建“极端条件物质特性联合实验室”。